Bienvenido ProfeJose,
Imagino que estás ya trabajando en modo extendido. Si no lo has configurado así échale un vistazo a esto. Haz un backup rápido antes de cambiar de modo.
www.idoceo.es/index.php/es/component/con...-clasico-y-extendido
Puedes organizarlo de varias formas. Si la parte que más te preocupa es la programación deberías crear una clase por asignatura aunque sea replicando la que ya has creado con tus alumnos.
Desde la lista de clases
puedes hacerlo fácilmente
De esta forma, en el horario podrás indicarle qué asignatura toca en cada momento y podrás añadir la planificación de cada una sin que se mezclen. Te permitirá también retrasar/adelantar sesiones de Matemáticas, por ejemplo y se retrasarán sólo las que correspondan a matemáticas.
El único inconveniente de esta configuración por clases/asignaturas es que es un poco más laborioso el informe global de cada alumno. Puedes hacerlo con la copia de columnas entre clases (Cuaderno de notas > Herramientas > Columns) y tener una clase 'destino' con las notas de las distintas asignaturas.
Espero que haya quedado un poco más claro todo. Si alguien tiene otras sugerencias que las apunte por aquí.