Almacenamiento en iDoceo

Yo apostaría que ha sido problema de descomprimir/comprimir de nuevo desde un PC/Mac el archivo de backup pero no puedo asegurártelo sin más información.
¿Has tenido sólo que borrar sólo archivos en Files o había alguna carpeta de más?

No había carpetas duplicadas, solo archivos. El problema fue antes de probar con los backups.

Ok, estaré atento al tema. Puedes instalar si quieres la versión oficial del App store